1. Чтобы закачать на сервер только один файл, Вам следует использовать раздел File Transferring->Single File Uploading. В этом случае Вы можетеиспользовать возможность повторной закачки при изменении локального файла.
2. Для закачки на сервер более, чем одного файла, т.е. целой папки с фалами, используйте раздел I-Net Site Transferring->Folder Uploading trough FTP. Здесь обновление закачанных файлов доступно только через профессиональное управление (Professional Control).
3. В последних релизах версии 0.91 и в версии 0.92 будет доступен новый способ - с использованием FTP Site Manager. Вы сможете работать с FTP-сервером, как с папкой на Вашем локальном диске.